Der Film basiert auf historischen Begebenheiten in Südamerika um 1750. Der abgeschieden über Wasserfällen lebende Indiostamm der Guaraní widersetzt sich der christlichen Missionierung. Ein Missionar, auf ein Kreuz genagelt und mit einer Dornenkrone auf dem Haupt, wird von den Eingeborenen die Wasserfälle hinabgestürzt. Dies ist Anlass für den Jesuitenpater Gabriel, den Aufstieg zu den Indios zu wagen, um einen weiteren Missionierungsversuch zu starten. Erschöpft im Urwald über den Wasserfällen angekommen, packt er seine Oboe aus und spielt. Dabei bemerkt er nicht, dass er von den angriffsbereiten Indios umringt wird – seine Musik aber überzeugt sie von seinen friedlichen Absichten. Die Missionierung gelingt. Es wird schließlich sogar eine Missionsstation errichtet, die jedoch in die Auseinandersetzung zwischen der portugiesischen und der spanischen Kolonialmacht hineingerät. Dem Kampf schließt sich der Sklavenhändler Rodrigo Mendoza an, der im Streit seinen Bruder ermordet hat – dies wird in einem längeren Nebenstrang der Handlung ausgebreitet. In einem beispiellosen Gemetzel kommen Mendoza und Gabriel um; der Indiostamm mit Ausnahme einiger Kinder wird von Soldaten ausgerottet.
Hauptdarsteller im Film ist neben dem Jesuitenpater Gabriel (Jeremy Irons) und Mendoza (Robert De Niro) ein südamerikanischer Indiostamm, dessen Mitglieder noch heute in urzeitlichen Verhältnissen leben und durch einfache Handlungsanweisungen des Regisseurs zum Schauspiel angeregt wurden.
Ein zentraler Handlungsträger ist die Musik, für die Ennio Morricone an die Technik des Leitmotivs angeknüpft hat. In The Mission sind die drei wichtigsten musikalischen Elemente jedoch mehr Ideenträger als Personencharakteristika.
Der Regisseur hatte gehofft, dass die Ausstattung seines Helden, des Jesuitenpaters Gabriel, mit einem klingenden Requisit – der Oboe – musikalisch so umgesetzt werden kann, dass diesem – einleuchtend für das Publikum – das eingangs gezeigte Schicksal eines ermordeten Missionars erspart bleibt. Die Oboenmelodie, das zentrale musikalische Element, ist eng am Bild ausgerichtet. Es zeigt die schauspielerischen, keinesfalls sehr musikalischen Fingerbewegungen des Jesuitenpaters beim Spielen seiner Oboe in Nahaufnahme, während sich die Indios kämpferisch nähern. Morricone konnte diesen Fingerbewegungen eine musikalische Bedeutung abringen. Wie im Ritardando werden Verzierungen entwickelt, die an die barocke Ornamentierungspraxis erinnern. Im Verbund mit lang ausgehaltenen Tönen bewirken sie die emotional eindringlichen Besonderheiten einer nur angedeuteten schwebenden Melodie.
Als weiteres Element dienen repetitiv-rhythmische Anklänge aus einer archaischen Musik verbunden mit Klängen der Panflöte der Erinnerung an die Ureinwohner. Für die neu aufgebaute Missionsstation konzipierte Morricone zudem eine Motette im Palestrina-Stil als drittes musikalisches Element. Unabhängig vom Film und über die anklagende Geste des Regisseurs hinausgehend, wollte Morricone zudem die Möglichkeit einer Koexistenz von Ureinwohnern und Eroberern hörbar machen. Dazu hatte er eine Kombination der drei musikalischen Elemente komponiert, die in einer Übereinanderschichtung einen Zusammenklang ergeben. Der Regisseur hatte für diese mächtige Musik (On Earth as It Is in Heaven) nur im Nachspann Platz gefunden. Es lohnt sich bei diesem Film, außerdem in die mit der Musik verwobene Geräuschkulisse (Reste von Underscoring besonders bei den Urwaldszenen) hineinzuhören. Sorgsam ist der Hall konzipiert. Zu wird beispielsweise eine Oboenmelodie mit Hall eingesetzt, wenn die Kamera in die Weite schweift. Er verleiht dem Filmbild Tiefe und trägt zusätzlich zur Semantisierung der Bilder durch die Musik bei.